Gambar piksel yang akan ditampilkan kepada pemain di setiap level game Pixel Paint Sort rusak. Piksel di dalamnya tercampur, dan tugas Anda adalah mengurutkan dan mengembalikan piksel ke tempatnya. Anda perlu memulai proses dengan menghapus beberapa piksel; mereka dapat ditempatkan pada panel bantu di bawah gambar. Selanjutnya, Anda dapat mentransfer beberapa piksel langsung pada gambar ke area bebas. Dengan cara ini Anda akan memindahkan piksel hingga Anda mengembalikannya ke tempatnya. Jika ini terjadi, gambar akan dipulihkan di Pixel Paint Sort.